João Fonseca Santos ingressou no Banco Europeu de Investimento em 2014, começando pelo departamento de monitorização e reestruturação. Em 2017, passou para a equipa responsável por novas operações em Portugal e, em 2021, tornou-se assessor do à data Vice-Presidente do BEI Ricardo Mourinho Félix, centrando-se em questões institucionais, estratégicas, de governança e operacionais e dando apoio em áreas como a Economia Azul, Financiamento e Tesouraria, Quadro Financeiro Plurianual e relações institucionais em Portugal, Argélia, Marrocos, Tunísia e América Latina e Caribe. Em Setembro de 2023, assumiu o cargo de Chefe do Escritório de Representação do Grupo BEI em Portugal. Antes de se juntar ao BEI, trabalhou em Private Equity e Corporate Finance em Portugal, onde iniciou a sua carreira em 2008. Possui um Mestrado em Finanças e uma licenciatura em Gestão pela Nova School of Business and Economics em Lisboa.